Quattordici anni dopo il Third Impact (scatenato sul finale del precedente film), Asuka e Mari sono in missione per conto della società Wille allo scopo di recuperare l’Eva 01, che la Nerv ha sigillato in un sarcofago e abbandonato nell’orbita terrestre. Il recupero è difficoltoso a causa degli attacchi del sistema di sicurezza messo a punto dalla Seele. Alla fine l’operazione ha successo e Shinji viene condotto a bordo della Wunder, la corazzata della flotta della Wille, comandata da Misato e Ritsuko. Ovviamente il giovane non capisce nulla della situazione che lo circonda, e rimane sconcertato dalla freddezza con cui viene trattato. Quando chiede informazioni di Ayanami, si sente rispondere che la ragazza non esiste più e, quelli che una volta erano i suoi compagni, ora lo trattano con freddezza e distacco. Cosa è successo all’umanità? Perché tutti continuano a trattare Shinji come un estraneo?