Dopo la conclusione di City Hunter, Angel Heart si apre con la morte di Kaori avvenuta per un incidente stradale. Il suo cuore viene trafugato e trapiantato in una ragazza, una killer professionista di nome Glass Heart, la quale aveva cercato di suicidarsi inorridita e stanca della sua vita da killer.
Una volta avvenuto il suo risveglio, guidata da sogni premonitori e da Kaori, si ritroverà a Tokyo ad incontrare Ryo Saeba, più maturo, sulla quarantina e un pochino meno allupato di come Hojo ci aveva abituati in City Hunter, ma sempre a caccia di Mokkori.
Nel manga si ritrovano vecchie conoscenze che hanno reso celebre City Hunter: la bellissima ispettrice di polizia di Tokyo Saeko Nogami e l'eterno rivale sweeper/mercenario "Umibozu" Falcon; manca però la sua spalla Miki.