È passato ormai molto tempo dalla devastante invasione dei kaiju sulla Terra.
Il mondo è radicalmente cambiato da quando il potere degli Ultramega ha tentato, fallendo miseramente, di fare fronte alla terribile avanzata dei colossali nemici. Nonostante questo, alcuni hanno trovato il modo di continuare a vivere ma, proprio quando il peggio pareva passato, si è manifestata una nuova minaccia proveniente dallo spazio profondo che Noah, il nuovo Ultramega, dovrà affrontare in un terribile scontro finale.
E dalla sua scelta dipenderà il destino di ciò che rimane della Terra. E dell’intera razza umana.