Dopo l’epica battaglia che ha visto la sconfitta degli eserciti meccanici del Dr. Eggman, Sonic sembra aver finalmente trovato un po’ di pace. Eppure, il riccio blu non sembra potersi godere il meritato riposo. Quando il Team Chaotix lo informa che il suo acerrimo nemico è stato ritrovato in stato di amnesia, il suo storico rivale, Shadow, compare all’improvviso, pronto ad eliminare una volta per tutte il crudele dottore. In una folle corsa contro il tempo, Sonic dovrà chiedere tutto l’aiuto possibile dei suoi migliori amici, Tails e Knuckles, per unire le forze e difendere, inaspettatamente, quello che è stato da sempre la sua nemesi. Ma il malvagio Dr. Eggman è veramente cambiato?