L'intero Giappone dal 2009 viene gestito da un'intelligenza artificiale suddivisa in due supercomputer, Quark e ​​Lepton. Kiyomi Tanabe, il loro creatore, muore, lasciando il suo unico figlio, Naoki, completamente ignaro di essere la chiave per il futuro del paese. Nel 2018 il giovane, un normale studente come tanti altri, continua a vivere la sua vita tranquillamente insieme alla sua amica d'infanzia Aya. Il governo si rende conto di non riuscire a gestire l'intelligenza artificiale, e, volendo evitare il sopraggiungere del caos, cerca l'unica persona in grado di aiutarli, con ogni mezzo.