Ayato Kamina è un liceale che vive nella Tokyo del 2015 con la madre e con l’amica d’infanzia Reika. La vita di Ayato viene improvvisamente sconvolta quando un gruppo di agenti governativi tenta di rapirlo e di assassinare Reika. A salvare i due sgomenti ragazzi interviene la bella Haruka Shito, che li conduce anche a scoprire l’incredibile verità tenuta loro finora nascosta. Haruka è difatti una spia al servizio di Terra, un’organizzazione in lotta contro i Mu, gli esseri che controllano gli ignari abitanti di Tokyo isolandoli dal resto del mondo. Ayato scopre inoltre di essere l’unico in grado di pilotare Rah-Xephon, un colossale robot semi-senziente di cui sia Mu che Terra vogliono ottenere il controllo. La drammatica situazione e il non riuscire a comprendere quale delle due parti in lotta sia nel giusto, spingerà Ayato di fronte a difficili scelte, impedendogli contemporaneamente di schierarsi con i suoi salvatori piuttosto che con la sua gente.