La guerra tra il nostro mondo e quello dell'Imperatore Arago, il capo supremo delle forze del male, sembra ormai un lontano ricordo. Questa tregua, l'umanità la deve a un gruppo di cinque giovani samurai equipaggiati con armature dalle virtù straordinarie. Sono trascorsi diversi anni, ma l'oscurità persiste. È in questo momento che un misterioso guerriero dotato di poteri immensi appare improvvisamente dal nulla e distrugge Arago nel suo rifugio. Questo essere dalla forza eccezionale, evidentemente incontrollabile, potrebbe rappresentare una nuova minaccia per il mondo. Se così fosse, la sua comparsa dovrebbe essere accompagnata dal risveglio dei nostri salvatori: una nuova generazione di Samurai Troopers.