I Sette Misteri sono celebri leggende urbane giapponesi legate alla scuola e una delle più note è quella di Hanako, il fantasma di una ragazza che infesta i bagni dell’Accademia Kamome e che, secondo le voci, realizzerà ogni desiderio del fortunato che riuscirà a evocarla. Quando Nene Yashiro tenta l’impresa di scovare Hanako, alla ricerca di aiuto in amore, scopre però che la “ragazza” in realtà è... un ragazzo! La studentessa finisce così coinvolta in un’avventura mistica nella quale, come assistente di Hanako, scoprirà quanto può essere fragile l’equilibrio tra il mondo mortale e quello degli spettri. Il sesto mistero scolastico e Sumire si rincontrano dopo più di un secolo.
Tuttavia, il compito che è stato assegnato al sesto mistero è la distruzione del proprio yorishiro. Nel frattempo Nene, alla ricerca di Sumire, si imbatte in Sakura. La misteriosa ragazza sembra disposta a svelarle alcuni segreti che riguardano Hanako...