Salomon Darver viene destinato a un nuovo incarico e lascia l'ufficio del Consiglio di Sicurezza. Janine Spengler viene promossa Dirigente dell'Ufficio e consulente del Presidente della Confederazione Terrestre. Intanto, anche il cambiamento ai vertici dell'Alfa è ormai imminente, ma Elania Elmore, sotto ricatto della Fratellanza Pretoriana che ha rapito suo figlio Matthew, tenta un'ultima disperata carta per rimanere al vertice dell'Agenzia. Per permettere che si avvii il nuovo corso, Nathan si troverà a dover fronteggiare una situazione davvero intricata, oltre a dover custodire un nuovo, inconfessabile segreto!