Battosai Himura è uno spietato assassino al servizio dei fautori della Restaurazione Meiji: attraverso il suo operato a Kyoto con la spada, negli anni immediatamente precedenti all'avvento del periodo Meiji, l'uomo contribuisce alla fine dello Shogunato Tokugawa, ma in seguito all'insediamento del nuovo governo egli scompare nel nulla. Dieci anni più tardi, il samurai vagabondo Kenshin Himura approda nella nuova capitale Tokyo: l'uomo apprende immediatamente che nella nuova era pacifica a nessuno è più consentito portare la spada, nemmeno ai samurai.
La katana di Kenshin, tuttavia, reca una lama invertita quale emblema del giuramento dell'uomo di non uccidere più, e proteggere nondimeno quante più persone possibile dalle ingiustizie subite. Dopo l'incontro con la giovane Kaoru Kamiya, dal carattere forte, genuino e indipendente e padrona di una palestra di scherma, Kenshin si ritroverà spesso coinvolto in combattimenti contro altri samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico del Paese, fra colpi di scena e complotti per il restauro della vecchia società feudale.
I fantasmi del suo passato, inoltre, ritorneranno uno dopo l'altro.