Rintaro Okabe è un auto-proclamato "scienziato pazzo" che crede che un'organizzazione scientifica internazionale di nome SERN stia cospirando per rimodellare il mondo secondo i propri interessi.
Lui e il suo amico Itaru Hashida inavvertitamente creano un congegno in grado di inviare messaggi al passato. Anche la SERN è giunta al medesimo risultato, riuscendo addirittura ad inviare nel passato esseri umani, pur causandone la morte come effetto collaterale.
Scoperti dalla SERN, per i ragazzi inizia un’estenuante caccia all’uomo, che li porterà ad una fuga disperata, anche attraverso il tempo. E’ possibile alterare il presente modificando il passato?