Il manga, che si può considerare una sorta di Numero 0 rispetto alla serie originale, narra degli eventi avvenuti prima della nascita di Astro. Tenma e Ochanomizu sono due giovanissimi studenti di robotica impegnati, come molti altri scienziati della loro epoca, a cercare di sviluppare al meglio le tecnologie per far fronte alle conseguenze di un disastro che ha sconvolto l'intero Giappone ma che le autorità sembrano, semplicemente, voler rimuovere dalla memoria.
I due sono geniali ma un po' sbadati e considerati stravaganti dagli altri studenti. Hanno un laboratorio che sembra più uno sgabuzzino costruito su un cumulo di rifiuti. La loro miglior creazione è SIX. Più che puntare sulla parte meccanica i due giovani si sono concentrati nel far sviluppare al robot una propria consapevolezza e capacità di agire autonomamente. Il momento in cui SIX dimostrerà le sue vere potenzialità arriva in modo inaspettato: durante una manifestazione dedicata ai robot, uno di questi ha un cortocircuito e rischia di esplodere; proprio SIX, agendo autonomamente, impedisce l'esplosione usando l'acqua di una torre d'irrigazione. Ma SIX non è l'unica creatura robotica capace di pensiero indipendente, c'è anche l'enigmatico Mars.
Ma da dove viene e che scopi ha questo grande robot ?