Dieci anni fa apparve nel cielo una misteriosa sfera nera che distrusse la città sottostante. Kagerou e Momiji erano bambini ai tempi di questa catastrofe e sono cresciuti insieme all'ombra di questa infausta struttura. C'è un'evidente attrazione tra i due ma Kegerou non vuole dichiarare i suoi sentimenti all'amica perché pensa di non essere in grado di proteggerla. Un giorno la sfera attacca di nuovo, trasformando le persone in mostri. Mentre il ragazzo cerca Momiji scopre qualcosa che cambierà per sempre le loro vite: Kagerou viene quindi portato via da un'organizzazione che dichiara che egli non è più un normale essere umano ma un "Eember", mentre Momiji viene classificata come "Dross", destinati a diventare materiali per esperimenti. Kagerou non accetta questa triste realtà ed è determinato a fare tutto ciò che è in suo potere per salvare la ragazza che ama.