Ambientato nel Giappone del futuro, una guerra durata 500 anni e definita "Eternity" è giunta a conclusione grazie a un miracolo e ora le persone vivono nel periodo de "il tempo dopo l'eternità". Il cristianesimo si è diffuso in tutto il mondo e il Vaticano controlla la vita quotidiana di ognuno e le persone sono divise in "profondamente devote" e "non così devote". Ogito è conosciuto per essere un "senza Dio" in parte anche perchè legge diversi libri proibiti e viene prelevato dal dipartimento dei santi, durante l'ispezione il prete che si stava occupando di lui viene ucciso e Ogito rimane da solo con lo strano Izumi, un uomo che ha dato a Dio la sua vita per reincarnarsi in un pupazzo.