La storia di Shin Jeeg si svolge temporalmente 50 anni dopo gli eventi della serie del 1975. Il nuovo protagonista è Kenji Kusanagi, un giovane studente liceale destinato a diventare il pilota del nuovo Jeeg per combattere contro gli Haniwa Genjin del Grande Regno Yamatai guidato della malvagia regina Himika (risvegliatisi dopo un lungo sonno). Kenji non è l'unico personaggio nuovo della serie. All'interno dei 13 episodi fanno la loro comparsa nuovi protagonisti come Kyo e Tsubaki, mentre molti personaggi della prima serie riappaiono, in alcuni casi con ruoli di primo piano (Himika e i suoi perfidi ministri: Ikima, Mimashi e Amaso).