La Yamato ha finalmente ottenuto il Cosmo Reverse System, ma durante il viaggio di ritorno verso la Terra, viene attaccata da una flotta di Gatlantis, comandata da un ex-pirata, il perfido Dolam Dagam. Nel frattempo, la flotta del maggiore Burger, sopravvissuto alla battaglia all'Ammasso Arcobaleno, si vede costretta a rinunciare a dare la caccia alla Yamato! L'intervento di una "strega" che cattura l'equipaggio di Garmillas e della Yamato sembra stravolgere le sorti della battaglia... Kodai e la squadra di sbarco si trovano così prigionieri in un albergo che, misteriosamente, ricalca in tutto e per tutto una struttura a loro famigliare. I terrestri si troveranno così a coesistere con i garmillassiani, tecnicamente loro nemici. Quali esiti avrà la convivenza? E che cosa sta tramando, nel frattempo, la flotta di Gatlantis?