L'Immortale segue le vicende di Manji, un abile samurai dotato di un enorme potere: nessuno può ucciderlo se non somministrandogli un raro veleno. In passato Manji ha compiuto degli atti criminali, uccidendo 100 samurai (incluso il marito di sua sorella). La sua immortalità deriva dal verme Kessen-chu, che vive in simbiosi con il suo corpo e gli permette di bloccare il naturale processo di invecchiamento rimarginando in poco tempo qualunque ferita inflittagli. Per liberarsi dall'immortalità, Manji dovrà uccidere 1000 "scellerati". Durante il suo cammino, Manji incontra la giovane Rin Asano, unica sopravvissuta alla strage che gli uomini dell'Itto-Ryu hanno perpetrato sulla sua famiglia. La giovane chiede all'abile samurai di aiutarla a vendicarsi, ed egli decide di appoggiarla soltanto perché lei gli ricorda la defunta sorella. Inizia così la caccia ai membri dell'Itto-Ryu.