Nella città-studio, Toma Kamijo è un liceale come tanti, ma con la sua mano destra è in grado di annullare qualunque potere anomalo. La sua vita prende una piega assurda il giorno in cui trova (stesa sul suo balcone!) la suora bambina Index, custode “mnemonica” di ben 103.000 grimori di proprietà della Chiesa Puritana d’Inghilterra...!
Accelerator, ancora convalescente, viene attaccato da Amata Kihara, che ha intenzione di ucciderlo e rapire la piccola torre di controllo del Misaka Network. Subito dopo che Toma, alla ricerca di Index, arriva sul luogo dello scontro, viene raggiunto da una Misaka in lacrime che implora il suo aiuto...