Dal lontano pianeta Marte, un nuovo ed inquietante pericolo giunge a minacciare la terra. Nel grande disegno del sommo Don Zauker, tutti gli esseri umani sono destinati ad essere trasformati in Meganoidi, null'altro che robot, obbedienti servitori ai suoi ordini. Ma dal nulla compare il misterioso Haran Banjo che, grazie all'immenso potere dell'imbattibile robot Daitarn 3, combatte i meganoidi e le loro brame di conquista in nome dell'umanità!
Solo gli stolti non temono il potere del Sole Ardente! Ma i Comandanti Meganoidi hanno a loro disposizione l'immane potenza del Megaborg, una creatura da combattimento, un ibrido tra un cyborg ed un robot. Riuscirà Haran Banjo, affiancato dalla splendida Beauty Tachibana, dall'affascinante Reika Sanjo, dall'imperturbabile Garrison e dal pestifero Toppy, a sconfiggere la minaccia che incombe sull'intero pianeta?